ジーン（ファムケ・ヤンセン）の死はX-MENに永続的な影響を与え、スコットとウルヴァリン・ローガン（ヒュー・ジャックマン）は突然途方に暮れたように見えた。宇宙人が自分のアイデンティティを認識できるようにする大学の教育任務は、ストーム（ハル・ベリー）やウルヴァリンらの肩にかかっています。異種族の子供の遺伝子から突然変異したX遺伝子を復元し、異種族の人間の体を常人と同じにできる「解毒剤」を抽出した会社が登場した。その解毒剤の登場は人々の間で大きな反響を呼んだ。マグニートー（イアン・マッケラン）は、自分たちの体格を変えることを望まず、人間社会における不当な扱いに暴力を用いて抵抗しようとする異星人と接触する。ウルヴァリンたちは、秦が死んでおらず、目覚めた第二人格であるプロフェッサーX（パトリック・スチュワート）とマグニートーがそれぞれ秦のために戦い、異世界の姿を変える鍵となることを発見した。