前作のラストで、キアヌ・リーブス演じるネオは、撃たれて復活した後、ついに全能の「救世主」となった。モーフィアス船長（ローレンス・フィッシュバーン）は人類基地ザイオンに戻り、人々に温かく迎えられた。この時、「マトリックス」は先制攻撃を決定し、25,000の電子イカをザイオン基地に攻撃するために送り込んだ；モーフィアス、ネオ、トリニティは内部から「キーメーカー」を探すために再び「マトリックス」に侵入した。ネオによって排除されるはずだったエージェント・スミスに何か問題があったようだ。 彼は「マトリックス」の支配から離脱し、恐ろしいコピー能力を持ち、ネオと彼らの行動を妨害した。