聖杯は、持つ者のあらゆる願いを叶えるという伝説の秘宝。聖杯を手に入れるための儀式を聖杯戦争と呼ぶ。聖杯戦争に参加した聖杯によって選ばれた7人の魔術師はマスターと呼ばれ、彼らはサーヴァントと呼ばれる7人の使い魔と契約を結んでいた。彼らは聖杯によって選ばれた七人の英霊であり、七つの階級に分けられ、使い魔として召喚される。聖杯を手に入れることができるのは1つのグループのみであり、7つのグループは最後のグループになるために互いに殺し合います。衛宮切嗣の養子である衛宮士郎は、ひょんなことからサーヴァントの剣士セイバーと契約し、聖杯戦争に巻き込まれてしまう…。