赤毛の完璧な「フィフス・エレメント」リル（ミラ・ジョヴォヴィッチ演じる）は、風と火の4つの聖石を組み合わせて、5000年ごとにやってくる悪の勢力と戦う人類を助けるために地球に来るように命じられました。 、水と土の敵を倒します。研究所でクローンを作られた後、言葉が理解できないリルは人間の追跡を逃れながら、元エージェントのコバーン（ブルース・ウィリス）のタクシーに乗った。コバーンはリルを連れて連絡担当の神父を探し、二人は徐々に好印象を持っていく。リルとコーベンは、他の四大元素の聖石を探すために「ロストパラダイス」と呼ばれる惑星へ向かいました。しかし、リルは戦闘中に負傷し、昏睡状態に陥りました。さらに、人間の残虐行為と無知な殺人により、リルは心の混乱に陥りました。強敵を前に、コバーンはどのような力を使ってリルを目覚めさせることができるのでしょうか？