18世紀、ジャン＝マプティスト・グルヌイユ（ベン・ウィショー演じる）は、パリで最も汚くて臭い場所である魚市場で生まれた。グルヌイユは生まれながらに驚くべき匂いの才能を持っていて、悪臭でも香りでも、それを一つ一つ覚えて、さまざまな匂いを簡単に区別することができました。彼は孤児院で13歳のとき、園長によって皮なめし業者に売られました。グルヌイユは皮革店で悲惨な生活を送っていました。ひょんなことから、グルヌイユは調香師バルディーニの前で非凡な才能を発揮し、香水店に入り働くことになる。しかしグルヌイユは、世界で最も香り高い香水を作ることに満足するだけでなく、あらゆるものの香りを保存する方法を学ぶことを夢見ていました。バルディーニ氏はグルヌイユに、香水の起源はグラースであり、人々は香りを保存する方法を知っていたと語った。グルヌイユはバルディーニの推薦状を持ってグラースに来た。少女の体臭に恋したグルヌイユは、その香りを守るために、やがて殺し屋としての道を歩み始めた。