小さな町にやってきた盲目の剣士、座頭市（北野武）は金髪に染め、独特の技と必殺技を持っている。服部源之助（浅野忠信）は強い武術の腕を持つ剣士で、夏川結衣が演じる妻の治療費を稼ぐためにこの小さな町にやって来た。時を同じくして、芸妓に変装して復讐の芸人として放浪していた乃子兄妹（結子、橘大五郎）もやって来て、ターゲットは町のいじめっ子、吟蔵と扇屋だった。隠された真実を知った執念深い座頭市は、両親を殺された兄弟の復讐を手伝うことを決意するが、服部は敵に雇われた用心棒となり、生死を賭けた戦いは避けられない。