西暦2029年、未来の世界はハイテクと情報技術が発達した世界。人間の生活水準の向上に伴い、犯罪行為もハイテク化するため、ハイテク犯罪を鎮圧するための特別部隊――公安9課が設立された。草薙素子警部は、全身“義体”の婦警として公安9課を率い、任務を遂行し続ける。今回、公安9課はプログラマーの国外逃亡という厄介な問題を秘密裏に解決する公安6課に協力し、伝説のハッカー「パペットマスター」の犯罪事件に巻き込まれた。作戦が行き詰まった時、公安9課に招かれざる人形使いが現れた！スージーとその仲間たちは、知らず知らずのうちに政府が関与する陰謀に巻き込まれていた。