宇宙に宇宙有翼骨獣グレンダが出現。 SuperGUTSもウルトラマンダイナも戦いに敗れた。危機一髪、TPCの極秘戦艦プロメテウスが現れダイナを救出した。数日後、クレオメス島でプロメテウスに関する説明会が開催された。参加したSuperGUTSは、開発リーダーの如月ルイ博士（杉本彩さん）と出会う。プロメテウスは人間の思考データに依存して戦闘時の人間の行動をシミュレートし、データを取得するためにSuperGUTSメンバーの戦闘経験をプロメテウスに移植したいと考えています。最初のデータ移植者である飛鳥ノブ（鶴野剛志）は、移植の途中で意識を失ってしまう。その頃、謎のUFOがクレオメス島に侵入してきた。敵はSuperGUTSの攻撃を撃退し、プロメテウスを電脳悪魔デスペサへと変貌させた…。