物語は、シーズン1の出来事から7年後から始まります。ガンプラバトルのルールが刷新され、より人気の高いバトルが登場。イオリ・マコトとレイジは第7回ガンプラバトル世界選手権で優勝したが、同時に彼らの学校である聖鳳学園にも多くの栄光をもたらした。しかし、その「ガンプラバトル部」の部長は中学生のホシノ・フミナただ一人。新しい競技規則では、競技に参加するには3人1組で参加する必要があります。しかし、聖鳳学園ガンプラバトル部は人数不足で出場できなかった。偶然、転校生として現れたのは、師匠とともに次元覇王流拳を長年修行してきたシェンムー・シジエだった。その後、天才ガンプラクリエイターとして知られる香坂遊馬も加わる。ホシノ・フミナ、カミキ・セカイ、コウサカ・ユウマはついにチームトライファイターズを結成し、ガンプラバトル大会に出場し、ワールドシリーズに挑戦することができた。