長い年月が経った今でも、クルタ族の残忍な殲滅の痛みが、最後の生き残りであるクラピカ (声: ツェーチェン深雪) の身体と心を苦しめています。幻影旅団を追うクラピカは、幻影旅団を追う旅の途中で、思いがけず『七美女』の一人である紅の目を失ったかつての友人・バイロと偶然再会する。彼の経験はレオリオによって語られ、すぐにキルア（同じくイセ・ジャスミンの声）とゴン（声：パン・ヒメイ）の耳に届きました。友人たちを傷つけた真犯人を捜すため、各地で互いの隠れ場所を辿るうちに、謎の美少女シャオリーと出会い、同時に死人形の集団に襲われる。一方、クラピカとレオリオの前にヒソカ（CV：浪川大輔）が突如現れ、犯人の正体を告げる。絡み合う恨みが、悲劇的な戦いの幕を開けた… 本作は、漫画家・福樫よしひろの同名原作をアニメ化した初の劇場版アニメである。