西暦2045年。マクロス7の新鋭艦・マクロス7を中心とする第37次超長距離移民団は、謎のバローダ軍団と幾多の死闘を繰り広げながら、銀河の中心を目指して航海していた！そして西暦2046年。戦争の片隅で、この物語は始まる… 女性将校マハラは、退役日に事故で亡くなった部下の父親を恨んでいた。 、それで彼女は殺されました。危機一髪の彼女を救ったのは、エアスケートを履いた青年、“ブラックボンバー”の異名を持つ荒くれT-CRUSHプレイヤー、御堂柴だった。チャイは、かつて天才パイロットの称号を熱望し、現在はマクロス7の艦長を務めるマックスの隠し子だという…チャイに興味を持ったマハラは、新メンバーを率いて奉仕する。チャイのチームのコーチとして。歌手志望のマネージャーのアニカは、チャイとマハラの関係に戸惑う。マハラはアニカの気持ちを完全に無視し、チャイにモバドとの競争を始めさせた。チャイは難なく技を披露するも、最終ラップでマハラの指示を受け入れたモバドに敗れた。その後、チャイはチームから姿を消した。アニカは彼のことが心配で、彼を探しに工場船にやって来ました。ゲットーでギャングに捕まった。ほとんどはマハラによって救出されました。マハラからのメッセージを受け取ったアニカがアパートを探しに行くと、そこには美しい少年と暮らすチャイの姿があった…激怒したアニカと復讐に来たギャングたちとの戦争が始まった…。