グリーンゴブリンと戦った後、スパイダーマン・パーカー（トビー・マグワイア演じる）は、スパイダーマンのアイデンティティが彼自身と彼の愛する人たちに問題をもたらすため、しぶしぶ彼の唯一の愛者メアリー（キルスティン・ダンスト演じる）を拒否しました。スパイダーマンの責任を独立して引き受けることを決意した。パーカーは、スーパーパワーの柔軟な使い方を学ぶこと、スーパーヒーローと普通の大学生という二重のアイデンティティの下で慎重に生きることなど、さまざまな課題に対処するのに忙しいです。パーカーはメアリーから抜け出すことがますます難しくなるが、スパイダーマンとしてメアリーに心を開くことができない。彼の友人のハリーはスパイダーマンを誤解していたので常に敵対しており、彼の唯一の親戚である叔母もスパイダーマンの正体に疑問を抱いている。同時に、邪悪で強力なドクター・オクトパスという新たな挑戦が起こります。パーカーはあらゆる種類のプレッシャーの下でスパイダーマンの使命を背負った。