5年前、一夜にして大塚村で疫病が発生し、疫病の蔓延を防ぐために周囲の村々が大塚村全体を焼き払った。大塚村の子供たち、犬塚信乃、犬川庄助、浜路の３人は生き残った。 3人は教会に引き取られ、他の村で平和に暮らしていた。大塚村の事件で特殊な能力を得た信乃と正助は、原因不明の皇教会本部の捜索を受けていた。大塚村事件から5年、ついに信乃と章介の痕跡を見つけた教会本部は、二人を帝都へ誘い出すため、ハマジまでも連れ去った……。