葵一也（声：市来光弘）は、妹の葵一也（声：能登麻美子）の死が彼の将来を大きく変えた、心優しい普通の少年です。カズヤを襲ったのは「NOVA」と呼ばれる異次元体だった 妹の仇を討つため、カズヤは異次元体で戦う戦士を育成する専門学校・ジェニティクス学園に入学する。学園では生徒がパンドラとコントローラーに分かれており、こうしてカズヤは、見た目は弱いが非常に強い少女たちと知り合う。その中でも最強のパンドラと呼ばれるサティレサ（CV：能登麻美子）がカズヤを最も気にかけていたが、ひょんなことからカズヤは彼女とパートナーを組むことになる。さらに、外見は強面だが中身は優しい傲慢少女ガネーシャ（CV：喜多村英梨）、謎のチベット人転校生ラナ・リンチン（CV：花澤コリアンダー）らも登場する。戦いと学びの過程で、和也は妹の死の謎を解き明かすことを決意する。