筒田台に住む高校1年生の響裕太は、ある日目覚めると記憶を失っていた。その後、ユウタは古いコンピュータに現れた「ハイパーエージェント・ガリット」と出会う。ガリットはユウタに「任務を遂行せよ」と告げ、ユウタはその言葉の意味と自身の記憶を探し始める。予期せぬ出来事に戸惑いながらも、裕太はクラスメイトの内海翔、宝多六花、新条アカネらに助けられながら毎日を生きていた。しかし、平穏な日常は、突如現れた怪物によっていとも簡単に崩れ去った――。