人間とアンドロイドが共存する世界――アンドロイドの少女ルージュとそのパートナー、ナオミは火星でとあるミッションを遂行する。任務内容は「政府と敵対する人造人間9体を破壊する」。アンドロイド少女ルージュの戦いの物語が始まる——。