東京の西に位置する巨大な「学園都市」。総人口230万人、その約8割を学生が占めるこの都市では、学生の能力を「無能力レベル0」から「超能力レベル5」までの6段階で評価する特別な能力開発コースが実施されている。高校生の上条当麻もまた、学園都市に住む生徒の一人である。彼は右手に秘められた超常の力であれば神の加護さえも消し去る力「イマジンブレイカー」のせいで「無能」と評価され、不遇続きの人生を送っていた。夏休みの初めに空から降ってきた純白の修道女によって、上条の学生生活は大きく変わってしまった。 『魔術』の世界から逃げてきた女、インデックスと出会って以来、上条は様々な事件に巻き込まれていく。学園都市を支配する「科学」サイドとインデックスに関わる「魔術」サイド、双方の事件をスリリングに解決していく中で、徐々に人間関係が広がっていく。その後、魔術サイドにおけるキリスト教最大の宗派であるローマ正教会もついに上条の存在に気づき……。魔術サイドの対抗と同様に、科学サイドの学園都市も動きを見せている。しかし、徐々に敵対化していく世界の流れに抗う人々もいる。上条との関わりによって運命を大きく変えたあの“英雄”たち。彼らは世界に立ち向かいました。上条当麻がそうだったように。科学と魔法が三度交差するとき、物語は大きく前進する！ ！