地球は人間だけのものではありません。実は私たちの中には1,500人もの宇宙人が住んでおり、宇宙人に関することは星間入国管理局が担当しています。平凡なニューヨーク市警のエドワーズ (ウィル・スミス演じる) は、ひょんなことからこの組織に加わり、MIB のメンバー、コードネーム J になりました。それ以来、彼は名前も身分も持たず、SWAT 警察官 K (演じる) になります。トム・リー・ジョーンズによる）。 Jが最初に扱った事件はザーグの侵攻だった。アクイロンのロズベルグ王子は地球上でザーグに殺され、彼が携えていた宇宙最高の亜原子エネルギー源である「銀河」も行方不明になっており、もしザーグが発見すれば地球に壊滅的な打撃を与えることになる。アキロン人は、地球の人々が1時間以内に「銀河」を引き渡すことができなければ、地球を破壊すると最後通告を出した。地球の安全のため、KとJは前に出なければなりませんでした。