『ムカデ人間2』のあらすじは、映画『ムカデ人間』のあらすじにハマった変態男が、普段は『ムカデ人間』のDVDを観てサンドペーパーでこすってオナニーするのが趣味だというもの。彼は突然、彼の性的空想を満たすために映画の「医学実験」を準備する12人の男女を見つけた。