物語の舞台は、戦争で破壊された基地コロニーとその周囲に大量の戦艦の残骸が漂う「サンダーボルト宇宙領域」。 宇宙領域はジオン公国の要塞「アバオアクー」への補給路である。宇宙領域を取り戻すべく、地球連邦軍とジオン公国軍との激戦が勃発した。地球連邦軍のイオ・フレミング少尉らはGM204Fに乗ってサンダーボルト宙域に潜入し、狙撃兵に挑んだ。