30 年前に豊都塔が設立されて以来、豊都の平和は長く続きました。しかしこの夏、この平和な街に再び危機が訪れた。死んだはずのドポントの集団が突如街路に現れ、周囲に大混乱をもたらした。左翔太郎（桐山漣）とフィリップ（菅田将暉）が合体して仮面ライダーWに変身。不動警察署の照井龍（木之本礼尋）巡査が仮面ライダーアクセルに変身し、襲来するドーポントと戦う。死ぬまで。国際スパイエージェントのマリア・S・クランベッティ（杉本彩演じる）の協力を得て、正義の戦士たちは侵略者を撃退したが、彼らが全員ガイアメモリを身に着けた一般市民であることを発見するだけだった。マリアの口から、国際犯罪者・大道勝己（松岡充）と悪の組織「ネバー」のメンバーが、A～Zまでの26枚のガイアメモリを乗っ取り、さらには豊都の占領を企てていたことを知る。善と悪の熾烈な戦争が始まろうとしている…。