本作は、1996年にスタートした漫画『遊☆戯☆王』連載20周年を記念して製作されたアニメーション映画。武藤遊戯は幾多の試練を経て、別人格「闇遊戯」を宿して最後の戦いに勝利し、正式な別れを告げてそれぞれの旅に出た。時が経ち、遊戯たちは日常に戻った。しかし、彼らの前に青神と名乗る謎の青年が現れた。一方、闇遊戯を強敵とみなす海馬瀬人は、闇遊戯が失踪した「千年煉瓦」を発掘し、再び完成させて闇遊戯を再び復活させようと画策する。