西暦2035年、人類は十二猿軍団が開発したウイルスに侵攻され、そのウイルス災害で人類のほとんどが死亡したが、生き残ることができたのは暗闇の地下だけだった。科学者たちは、12 猿の軍団の起源を追跡するために、1996 年にタイムスリップする人々を派遣することにしました。囚人のジェームズ・コール（ブルース・ウィリス）がボランティアに選ばれた。間違って1990年に戻ってしまったコールは、当時の人々に未来の大惨事を説明したところ、精神障害者として逮捕され、医師のキャサリン・シャーリー（演：マデリーン・ストウ）によって統合失調症と診断された。 。コールは患者仲間のジェフリー・ゴインズの助けで脱出し、未来に戻った。十二猿軍団の起源を突き止められなかったため、コールは再び1996年に飛ばされてしまう。今度はコールが十二猿軍団の起源がフィラデルフィアにあることを突き止め、医師のキャサリンを見つけ、二人は十二猿軍団を追跡する冒険に乗り出した！