パン（リーヴァイ・ミラー）は幼いころに両親を亡くし、孤児院で育った典型的な「問題児」だった。パンは自由を愛し、頭の中に奇妙な自由な考えを持っており、いつもいたずらやトラブルを引き起こすので、孤児院の園長は頭を悩ませています。ある夜、パンは思いがけず、おとぎ話の本でしか見たことのない海賊や戦士、エルフなどがいる「ファンタジーアイランド」と呼ばれる魔法の世界にやって来ました。ネバーランドでパンは、葦のネックレスをした謎の人物を待っていた女戦士タイガー・リリー（ルーニー・マーラ）とフック船長（ギャレット・ヘドランド）に出会った。到着すると、この謎の男が彼らを悪との激しい戦いに導くことになる。黒ひげ海賊団（ヒュー・ジャックマン演じる）。