宇宙移民と宇宙戦争の歴史――宇宙世紀の終焉から時は流れ、人々は新たな歴史、リギルド世紀（RC）を迎え、豊かで平和な暮らしを始めた。 RC1014では、地球と宇宙を結ぶ軌道梯子であるキャピタル・タワーが、地球のエネルギー源であるフォトン・バッテリーを宇宙から人類にもたらしたことから、聖地とされている。彼の守護組織であるキャピタル・ガードの候補者であるベイリー・ジェナムは、最初の飛行中に未知のMSG-SELFによって攻撃されました。ベイリーは保守点検用MSを使ってこれと戦い、捕獲に成功した。しかし、ベルはG-SELFのパイロットである宇宙海賊の少女アヤナに感情を抱くようになる。一定の条件を満たさないと発動しないG-SELFは、ベルに対してある反応を示した。宇宙海賊とアイーダの目的、G-SELFに選ばれたベルリの運命、そしてRC全体を揺るがす真実――全てはレコンギスタの始まりに過ぎない。