西暦2202年。宇宙戦艦ヤマトが片道16万8千光年に及ぶイスカンダルからの大帰還航海から3年。 「宇宙修復システム」により、地球はかつての青い姿を取り戻し、カミラス帝国と平和条約を締結した。回復しつつ、防衛用の最新鋭戦艦アンドロメダを含む新艦隊の準備も進んでいる。イスカンダルのスターシャの願いも虚しく、地球は軍備拡張へと動き始めた。これこそが、かけがえのない多数の犠牲の上にヤマトが勝ち取った真の平和なのだろうか？宇宙の平和を願う女神テレサの祈りが、ヤマトを新たな旅へと誘う。今、宇宙を席巻するガトランティスの脅威が地球に迫っている――。