この作品は、日本の有名な推理小説家、江戸川乱歩の多くの名前に基づいており、乱歩のファンタジーの世界観と現代の舞台を組み合わせています。このアニメは中学校で起きた教師殺害事件の物語である。この学校に通う少年・小林は、事件の捜査に来た天才探偵・明智と出会う。異常犯罪ばかりを捜査する明智に興味を持った小林は、友人の羽柴の反対を押し切り、明智の“助手”になることを志願する。次々と起こる奇妙な事件の中、シャオリンは明智とともに早速捜査を開始する。