坂井悠二の高校生活は始まったばかりだが、続くはずだった平凡な日常は、ある事故をきっかけに一変した。その帰り道、商店街の時間と空間が突然止まり、閉ざされた空間にいた全員の魂が怪物に吸い取られてしまう。日本刀を持ち、怪物たちと戦う赤毛の美少女は雄二に衝撃の事実を告げる――「あなたは死んでいる、別の姿で生きているだけだ」 その事実を受け入れた雄二は、その美しい赤と出会うことを決意する――。共に世界のために戦う髪の少女・灼眼は、少女の武器名にちなんで「シャナ」と呼ぶ。世界の未来のため、シャナは戦いを繰り返し、二人の絆が始まる。