2062年、地球は軌道エレベーターの所有権を巡って二つの陣営に分かれて争っていたが、主人公グイ・ムギが所属していた自由宇宙軍は、新たに開発した軌道エレベーターのエネルギー供給を破壊する計画を立てていた。 D兵器「時空衝撃爆弾」を開発したが、作戦に障害が発生し、敵陣からの激しい砲撃により撤退を余儀なくされ、危機に憤慨した。中程度の火傷を負ったグイ・ムグイが未調整の時空衝撃爆弾を発動させたことで、予期せぬ時空の混乱が生じ、複数の世界が同時に混ざり合って「対立領域」が形成された。そしてグイ・ムグイも巻き込まれ、衝撃波により時空が変動し、事件から20年後、混沌の時空世紀が到来した。桂桂はエマンキャラバンに発見され行動を共にするが、混沌とした時空を修復するための鍵となる「特異点」であるため、様々な勢力の競争の対象となり、常に戦い解決を模索していた。グイ・ムグイの正式な学校のクラスメートであるオウ・センが突然彼の前に現れ、彼は戦いで彼に会い、将来の娘アテナにも会いました。グイ・ムグイはやがて新旧が混在する世界と対峙し、時間と空間の混乱を修復しようとすることになる。そしてグイ・ムグイは、時空を元に戻す最後の手段は、時空衝撃爆弾が発動する直前の時空に行き、その瞬間に自殺することであることをついに発見した…。