この映画は、2001年に公開された『Cats and Dogs』の続編です。物語は、猫と犬の間の最後の戦争から数年後が舞台です。苦労して勝ち取った平和が再び脅かされている。今回の敵は前作のバカではなく、元祖猫スパイ組織「MEOWS」のトップエージェント、キティ・ガロア。犬の組織の中枢機密を盗むことに成功し、犬の組織と人間に復讐するため、世界を支配する恐るべき凶悪な計画を立てた！このような差し迫った前例のない致命的な脅威に直面した猫と犬は、最後の手段として同盟を結ぶことを余儀なくされます。猫によって引き起こされた大惨事において、彼らは自分たちだけでなく救われる必要があるのは、この二匹の生き物の歴史の中で初めてです。だけでなく、彼らが深く愛する人間も同様です。邪悪な計画を阻止するには、彼らの体に秘められた生物学的本能をすべて発揮しなければなりません...