主人公の翔子は流星学園中等部に通う中学生。とても仲がよかった妹のシャンジさんは、5年前に留学して以来、行方不明になっている。ある日突然、翔子に見知らぬ何者かが襲いかかる。彼女を襲ったのは、かつて女神アテナが封印した邪神エリスの配下、邪悪なエルフたちだった。そこで翔子はアテナ、聖闘士星矢、聖闘士星矢の存在を知り、そして自分と妹の過酷な運命を知ることになる。魂を封印されていた邪神エリスが復活を目前に控え、邪悪なエルフ達も動き出す。星矢たちが銀河戦争、十二支んとの激闘を繰り広げる中、沙織とセインティアたちは黄金聖闘士の力を使い、悪霊との壮絶な戦いを開始する！さらに、悪のサーガ復活の兆しも…。すべての鍵を握るのは、聖女を目指して修行を始めた翔子だった！過酷な運命に襲われても、少女たちは運命に抗う。少女たちと神々との壮絶な戦いの物語が始まる！