セカンドシーズンの物語は、前シーズンの最終話から始まります。警視庁捜査一課「特殊犯罪対策室」は、責任者である大沢絵里子（天海祐希）が自らの責任で辞任し、成田空港を出発しようとしていた。しかし、空港で待っていると、野立進次郎（竹野内豊）の電話番号から電話がかかってきた。警察幹部黒原謙三は反政府組織「ブラックムーン」の次の狙撃ターゲットとなる一方、「ブラックムーン」の重要メンバー高倉龍平は護送中に逃走。絵里子ら対策室の面々が現場に駆けつけるも、黒原は撃たれ、囚人は逃走した。重傷を負った黒原は責任を取って辞職に追い込まれ、対策室は再び解散され、絵里子は渡米した。 2年後、参事となったイェ・リーは、対策室を再び復活させる機会として重要事件を引き継ぐ。木本誠（戸田恵梨香）、片桐拓馬（玉山鉄二）、花形一平（溝畑淳平）、山村圭介（音水洋一）、岩井善治（小林雄次）の寄せ集めグループ。再び再会して絵里子と対策室で働くことはできるのか？そして野立は今回もエリコを説得して監督を務めることができるのか？