この映画は、月の70％を爆破し、1年後に地球を破壊すると脅迫した未知の生き物である殺せんせーの物語を語ります。彼は学校で最も不利なクラスである3年E組の家庭教師を務めています。彼の生徒たちに何が起こるのか。殺せんせーはマッハレベルのスピードと奇妙な触手を持った生き物ですが、生徒のために火も水も乗り越えて頑張ります。最初は異様な雰囲気に満ちていた教室は、3年E組にとって忘れられない思い出となった。そして、3年E組の生徒たちと殺せんせーが絆と真摯な触れ合いで守った約束は、7年後の未来へと続く。