統一暦では1926年。ターニャ・デグレチャフ少佐率いる帝国軍第203航空魔導大隊は、南大陸における共和国の敗残兵に対する作戦を開始した。凱旋休暇を楽しみにしていた彼らだったが、本国で待っていたのは参謀本部からの特命だった。命令では「連邦国境付近で大規模な動員の兆候がある」としている。新たなる巨人の覚醒を前に、絶望的な帝国軍は当然ながら戦果を伸ばしていく……時を同じくして、イギリスを中心とした多国籍義勇軍が連邦に参入。敵の敵は味方だ。国の合理性に導かれ、悪しき運命を辿る彼らの中に、一人の少女がいた。メアリー・スー准尉。彼女は父親を殺した帝国に正義を求めるために銃を取った。