静かな孤島・伊那国島に暮らす少年たちに、突如サッカー部廃部の危機が訪れた。フットボールを取り戻す条件はFootballFrontierの試合に勝つこと。主人公の稲森麻人たちは島を出て雷門中学校に入学し、フットボールフロンティアに挑戦する。稲国と雷門率いる11人の最初の相手は、ナンバーワンの「聖翔学園」だった…。