前回の激しい怪獣の戦いの後、キングコングとゴジラは再び力を合わせて世界に潜む巨大な脅威と戦い、これらの巨大な獣の起源と髑髏島やその他の場所の謎を徐々に探っていきます。同時に、古代の戦いが明らかになります。その戦いこそが、これらの異常な生き物を生み出し、人間世界の運命に深く影響を与えたものでした。