ラプリー（シガニー・ウィーバー）は、最初の遠征でエイリアンに遭遇した後、唯一の生存者でしたが、救助チームに救出されるまで冬眠していました。彼女が目を開けると、自分が57年間冬眠していたことに気づきました。この期間中に、人類は異星に移住しました。それを知ったラプリーさんは直ちに地球上の異星人の状況を当局に報告したが、当局からは精神に異常をきたしているか嘘をついているとみなされた。ラプリーさんは、当局が彼女の言葉を無視しているのを見て、エイリアンに関連するものには一切関わらないと決めた。案の定、異星に定住した人々は突如として地球との連絡を絶たれた。その時になって初めて、当局はラプリーが以前に報告した内容に気づき、彼女を救出するために軍隊を送ることを決定した。リプリーは救出作戦に参加するよう説得される。また血なまぐさい戦いが始まる！