この世と地獄は古来より休戦協定を結んでおり、誰もその協定を破らない限り、地獄の悪霊が問題を起こすことはありません。何千年もの間、この 2 つの世界は平和と調和の中で暮らしてきました。しかし、地獄では、長い間醸成されてきた邪悪な力が静かに勢いを増していました...天と地の間を歩くことができる暴君エイダ王子（ルーク・ゴス）は、血で無敵のウォークラフトを目覚めさせようとします。レギオンは地獄の業火で世界を焼き尽くす。彼の血が呼び起こされ、長らく地獄の底で眠っていた怪物達が地中から飛び出した。無敵のゴールデン・アーミーを前に、世界を煉獄に陥れるのを救えるのは、ロン・パールマン演じるヘルボーイだけだ。悪魔の血をその身に受けながらも、長い間優しさに改心した赤い角を持つサタンが立ち上がって人類の側に立つ。ファイヤーガール（セルマ・ブレア）、フィッシュマン（ダグ・ジョーンズ）ら「超常現象研究開発局」の仲間たちとともに、陰と陽の境界を越えて悪魔を倒し、世界の大災害に立ち向かう！今回も男爵は邪悪な蚕に食べられてしまうのでしょうか？