穂群原学園に通う平凡な少女イリヤは、ある日、万華鏡杖の人工自然精霊「マジックルビー」と契約させられ、「魔法少女イリヤ」となる。元万華鏡の杖保持者・遠坂凛の命令で、クラスカード回収の手伝いをすることになるが……。