ある夏の日、赤毛の少女メアリー（声：杉咲花）は休暇のため叔母のシャーロットの田舎の家に送られた。初めて到着したとき、メアリーは周囲のすべてのことにそれほど慣れていませんでした。特にいたずらっ子のピーター（声：神木隆之介）が故意に彼女に逆らったので、メアリーは本当に不幸でした。森での偶然の冒険中に、メアリーは伝説の魔法の花「夜間飛行」を目撃し、壊れたほうきも見つけました。しかし、この魔法のほうきはメアリを空へと運び、魔法使い育成を専門とするエンデ学園に到着した。この魔法のような場所で、メアリーはマーブルチェックさん（声：天海祐希）に温かく迎えられ、また、奇妙な容姿をしたドクター・D（声：小日向文世）にも出会う。何も知らずに魔法の生徒になった少女だったが、やがてそこに隠された秘密に気づく… この映画は、メアリー・スチュワート原作のイギリスの児童文学小説を映画化したもので、スタジオジブリ退社後、米林宏昌が製作した初の長編アニメーション作品である。 。