エージェントのグレゴリオ (アントニオ バンデラスが演じる) とイングリッド (カーラ グジーノが演じる) は、任務中に出会ったが、やがて恋に落ち、それ以来、世界は二人を失った。優秀なエージェントとなり、幸せな家庭を手に入れた。あっという間に9年が経ち、平和な世界は再び混乱に陥る。グレゴリオのかつての仲間たちが次々と謎の失踪を遂げた。また陰謀者たちが騒ぎを起こしているのだろう。絶望のあまり、グレゴリオとイングリッドは再び外出しなければならなくなりましたが、彼らも誘拐されてしまいました。現時点では、エージェントの家で育った 2 人の小さな幽霊、カルメン (アレックス・ベガ) とジュニ (ダリル・サバラ) だけが負担を負うことができます。私たちの天才エージェントが戦いに乗り出します。