物語の舞台は、魔法の力を持つ人類が滅亡の危機に瀕し、武道の最高峰が剣から魔法、そして銃器へと移行した世界。残された魔法の脅威を排除するための「異端審問官」を育成する専門機関「対魔導学園」で学ぶ主人公の草薙タケルは、銃器が一切使えず剣のみが頼りのオルタナティブ。敵と戦う。彼が率いる第35実験班は別名「雑魚班」という名前の通り、劣等生で構成されたチームである。ある日、“ウィッチハンター”の資格を持つ超エリート銃の達人、フォン・インファが突然チームに加わる。チームメンバーを率いて魔法の遺産を取り戻す任務に就く学園アクションファンタジーの傑作が始まる。