21世紀。人類はついに他の知的生命体と接触するようになりました。しかし、この出会いは幸せなものではありませんでした。冥界から侵入した怪物たちは、ほとんどの現代兵器を無効にし、人類の運命は風に吹かれる蝋燭のようなものだ。しかし、同じく裏社会に苦しんでいたエルフ環境条約機構の協力により、人間は復活への動きを得る。それは魔法少女です。強大な魔力を手に入れた少女は、心身に傷を負いながらも、人類を勝利に導き、ついに戦争を終結させた。しかし、これは新たな戦争の始まりに過ぎません。国際犯罪、無差別テロ、内戦、紛争…。魔法少女の戦いはまだ終わっていない――。