死ぬために彼が選んだのは刑事の道だった――時は2030年代。謎の探偵・明智小五郎のもとに集った「少年探偵団」。彼らは生来の機動力を利用して、大小さまざまな問題を解決します。メンバーの花咲健介はある日、謎の少年・小林芳雄と出会う。 「正体不明の煙」のせいで「死ねない状態」になった小林は、自らの死を楽しみにして他者との接触を拒否する。彼の存在に興味を持った花咲は「『少年探偵団』に入らないか？」と誘ってくる…小林と花咲。二人の出会いは、やがて世紀の犯罪者、怪人二十面相と明智小五郎の運命と交錯し、二人の運命を突き動かしていく…。