特殊なスキルを持つマチェーテ（ダニー・トレホ）は、犯罪組織カルテルの追跡作戦中に誤って殺害され、恋人でパートナーのICE捜査官シャタナ（ジェシカ・アルバ）も殺人犯として絞首刑に処せられた。重大な瞬間に、アメリカ大統領はマチェーテを秘密裏にワシントンにスカウトし、革命的武装組織の指導者マルコス・メンデス（デミアン・ビチル）が、革命家が攻撃を行ったということは、証拠がしっかりとなれば、米国の意図は消し去ることができる。マチェーテはまずミス・サンアントニオ（アンバー・ハード）に連絡し、その後メンデスに会うためにメキシコに忍び込んだ。この時、メンデスは二重人格だったようで、彼が殺されると、ミサイルは自動的に米国ワシントンに飛んでいき、彼の頭は数千万ドルの価値があった。そのためシミターはメンデスの命を守る任務を引き受けざるを得なくなった。アメリカへ戻る道は殺人と危険に満ち、さらに予想外の陰謀が彼を待ち受けていた…。