ホテル オブリビオンでの最終決戦の後、ハーグリーブス兄弟は散り散りになり、タイムラインが完全にリセットされます。彼らはスーパーパワーを失い、それぞれが自分だけで身を守り、新しい常態を見つけることを余儀なくされますが、成功の程度は大きく異なります。しかし、彼らを閉じ込める信じられないほどの新しい世界は、長い間無視するのが難しいことがわかります。彼らの父親レジナルドは安全かつ健全で、影から世間の注目を集め、強力で邪悪なビジネス帝国を運営しています。ガーディアンズと呼ばれる謎の組織は、彼らが住んでいる現実は嘘であり、大きな報いが来ると信じて秘密会議を開催します。これらの奇妙な新しい勢力が彼らの周りで陰謀を企てる中、アンブレラ・アカデミーは最後に窮地を救うために、懸命に努力して確保してきた不安な平和を危険にさらしながら、最後にもう一度団結しなければならない。