静岡県三島市には、ジョジョウエストの名門中学校、ケーブルカーのコロラド大学付属三島高校、そして、サンタ真島女子短期大学の３つの高校があります。女子だけの宗教学校。この年の礼拝堂の火災による事件が原因で、東高と隣に住む三人の女性は互いに憎しみ合い、和解できない状態になった。多額の借金を抱えた3人の女性は破産の運命に直面しており、3人の女性と仏教徒の東高との合併に関する噂が広まった。東郷高校で教鞭を執る袁平介（錦戸亮）は、学生時代の経験をもとに男女実験クラスを立ち上げるというアイデアを持ち出すが、両校の指導者らはあまり冷たくはなかった。それでも彼らはこの計画をやってみようという姿勢で通過した。その後、平助と、ダークタイガーとして知られる三人娘の生活指導員・灰谷理沙（満島ひかり）が生徒たちを相手側の陣営に連れて来た。もともと敵対していた少年少女たちが、面白く感動的な物語を次々と上演していく……。