突如出現した人類の敵「ネロイ」に対抗するため、世界各国は連合軍を結成した。しかし、彼らに対抗できるのは特別な魔法の力を持つ少女たちだけでした...連合軍主導によるベルリン奪還戦がついに始まった。再編された第501統合戦闘航空連隊「ストライクウィッチーズ」は、新第501隊員「服部静香」の加入により、ネロイとの死闘は徐々に拡大していく！ベルリンの空は解放されるのか？ ?