本作は、2008年9月にアイデアファクトリーより発売されたPS2用女性向け恋愛アドベンチャーゲーム『薄桜鬼 ～新選組物語～』を原作とした作品です。激動の幕末、江戸で育った蘭学者・幸村綱智の娘である雪村千鶴は、娘と別居後京都で働くはずだった。しかし、父が突然謎の失踪を遂げ、連絡が取れず不安になった千鶴は、男装して京都へ遊びに行くことにする。そこで彼女が目にしたのは、血に飢えた化け物たちと戦い、制圧する新選組の兵士たちの姿だった。新選組と素晴らしい絆を結んだ千鶴は、ひょんなことから新選組に入隊する。行方不明の父を捜す主人公の前に謎の刺客が現れ、新選組の秘密、羅刹の存在が徐々に明らかになっていく。激動の時代、幕末の戦いの裏で、理想と信念の刃を胸に秘めた男達の、闇との戦いが始まった…。