平凡な高校3年生の高町なのは（CV：田村ゆかり）は、ある日の通学途中、異世界ミッチェリダから来たユノ（CV：水橋かおり）と出会う。ユノは、世界に残された古代の遺産「聖石の種」を探していると語った。この貴重な宝物は、放棄されれば人間の世界に甚大な被害をもたらす可能性がある。その後、ナノエはユノの種を取り戻す魔法少女となり、危険と興奮に満ちたファンタジーの旅が始まりました。ある日、なのはと同じく種をリサイクルする魔法少女、フィット（CV：水樹奈々）という金髪の少女が現れる。なのははあんな強い相手に勝てるのか？フィットにとって、優しくて頑張り屋なのはとはどんな存在でしょうか？